Ejercicio 1 (30 minutos)

1. Envía tus secuencias htrA y yp086 a PredictProtein. Aquí tenéis copias locales de los resultados devueltos por el servidor, para evitar sobrecargarlo: hrtA y yp086.

2. Envía las secuencia además a diferentes servidores de estructura secundaria, por ejemplo JPred y PsiPred. Una vez más, os pongo aquí los resultados de los servidores: hrtA.jpred, hrtA.psipred, yp0p86.jpred y yp0p86.psipred.

3. Compara las diferentes predicciones de estructura secundaria, apilándolas sobre cada secuencia problema. No olvidéis añadir la predicción de PROF contenida en los resultados de PredicProtein.

4. Envía tu secuencia al servidor de búsquedas de secuencias BLAST, en su versión PSI-BLAST, y trata de extraer información funcional de las secuencias problemas, ¿qué son estas proteínas? ¿Has encontrado los alineamientos múltiples generados para cada dominio? ¿Hay alguna correspondencia entre las zonas más divergentes de estos alineamientos y las predicciones de estructura secundaria? Copias locales de los resultados: hrtA.ncbi y yp086.ncbi.

5. ¿Qué otras descripciones o predicciones útiles sacas de los resultados de PredictProtein?