Propiedades que pueden estimarse a partir de la secuencia (1D)

A la hora de empezar un proyecto de modelado comparativo es conveniente hacer primero un análisis de nuestra secuencia problema, que de por si puede producir información muy valiosa para continuar luego el protocolo. Pero, ¿qué podemos sacar de una secuencia?

• Predicción de estructura secundaria, con una confianza del 75% para predictores de 3 estados: $\alpha$ -hélices (H), láminas $\beta$ (E) y zonas de estructura no definida, coil (C).
• Localización de motivos funcionales, como péptidos señal o sitios de procesamiento postransduccional.
• Predicción de regiones de hélices transmembrana o de regiones coiled-coil.
• Predicción de localización celular.
• Observación de regiones especialmente conservadas o divergentes, por medio de alineamientos múltiples.
• Predicción del papel biológico por transferencia de secuencias semejantes.

Con este fin se pueden encontrar multitud de herramientas en Internet. En este curso probaremos sólo unas pocas, os recomiendo que echéis un vistazo aquí para encontrar muchas otras.