En cuanto a las estructuras secundarias predichas por los tres diferentes programas, ésta es
su comparación.
¿Qué son estas proteínas? Pues htrA parece ser una serina-proteasa, quizás dependiente de zinc,
que está unida a dos dominios PDZ de reconocimiento de péptidos y que podría estar asociada a la membrana
celular.
Por otro lado, yp086 parece ser una alcohol-deshidrogenasa dependiente de zinc, pero no queda muy
claro qué función biológica puede tener. De todas maneras, es interesante pensar que las dos enzimas del
operón puedan necesitar zinc para catalizar sus reacciones.
¿Hay alguna correspondencia entre las zonas más divergentes de estos alineamientos y las predicciones de
estructura secundaria? Como se ve aquí,
las zonas más divergentes de los alineamientos múltiples, las que tienen más huecos e inserciones,
suelen coincidir o estar muy de cerca de segmentos de la secuencia problema etiquetados como "C", zonas de
estructura secundaria no definida, englobando lazos y giros.
¿Qué otras descripciones o predicciones útiles sacas de los resultados de PredictProtein? Para htrA hay predichas 2 pequeñas hélices transmembrana, lo que podría reafirmar que es una proteína asociada a la membrana. Algo similar ocurre con yp086, con 3 regiones transmembrana predichas con cierta confianza.