Soluciones del ejercicio 4

Si echamos un vistazo a los alineamientos en la sección 3D-Jury de htrA_bioinfoPL y yp086_bioinfoPL, veremos columnas donde hay muchas diferencias en cuanto a estructura secundaria (azul para hélices y rojo para láminas) o muchas inserciones o huecos dependiendo de los moldes usados. Ésas serían regiones potenciales para localizar errores en los alineamientos, que luego se traducen en modelos diferentes, como vimos en el ejercicio anterior 3.2. También podemos mirar en los archivos PDB devueltos por los servidores de modelado, como yp086_3djigsaw y yp086_swiss_sinmoldes, donde podemos buscar problemas al alinear elementos de estructura secundaria. En este ejemplo observamos como SWISS-MODEL y 3D-JIGSAW (EsyPred3D no devuelve los alineamientos) toman decisiones distintas a la hora de alinear el segmento FSGEKPPVP (resíduos 107-116 de yp086) con la correspondiente hélice de los moldes utilizados.

En cuanto a las desviaciones atómicas esperadas, sigamos el ejemplo anterior de yp086_3djigsaw, cuyo alineamiento contra el molde 1rjw_A tiene un % de identidad de secuencia del 25.88. Sustituyendo en la ecuación 1.2, en ausencia de errores de alineamiento,

$$RMSD_{esperado} = 0.40 e^{1.87(\frac{100-25.88}{100})} = 1.6\AA$$ (4.1)

Es decir, en el mejor de los casos el modelo yp086_3djigsaw tendrá estadísticamente una desviación RMSD con respecto a la estructura real de yp086 de 1.6Å.

Los resultados devueltos por BIOSERV:EVAL20 para nuestros modelos ejemplo yp086_3djigsaw, yp086_esypred y yp086_swiss son estos, donde se puede ver que para los dos principales evaluadores utilizados, Verifiy3D (Eisenberg et al., 1997) y ProsaII (Sippl, 1993), el modelo de SWISS-MODEL parece tener peores puntuaciones que los generados por EsyPred3D y 3D-JIGSAW, probablemente por el diferente alineamiento utilizado, como vimos en el ejercicio 3.2 al superponerlos. Sin embargo, es más complicado decidir cuál de los otros dos modelos es mejor.

En cuanto a la calidad estereoquímica de nuestros modelos ejemplo, el servidor RAMPAGE nos devolvió estos resultados: yp086_3djigsaw, yp086_esypred y yp086_swiss, donde podemos ver que quizás el modelo de 3D-JIGSAW es el que contiene más residuos en regiones menos favorecidas del diagrama de Ramachandran.