Evaluación crítica de modelos comparativos de proteínas

Antes de usar los modelos comparativos para el fin con que hayan sido realizados conviene siempre hacer una serie de comprobaciones para estimar su calidad y por lo tanto la confianza que se merecen. Se suelen tener en cuenta estos criterios:

• En ausencia de errores de alineamiento, un modelo comparativo no debería desviarse más de 0.5-0.6Å de la estructura real para considerarse correcto, pues esta tolerancia es la que se observa normalmente entre diferentes estructuras experimentales de la misma secuencia Montelione et al. (2000); Chothia & Lesk (1986). Sin embargo, normalmente sí se cometen errores de alineamiento y de elección de moldes, sobre todo cuando los porcentajes de identidad de secuencias que manejamos están en torno al 30-40%.
  

• Estos errores de alineamiento pueden apreciarse por comparación de varios métodos de alineamiento a la vez, comparando las estructuras secundarias del molde y de la secuencia problema o usando potenciales empíricos para evaluar la conformación de polipéptidos (Verify3D, ProsaII), que se basan en calcular las probabilidades de que cada residuo se encuentre rodeado de sus vecinos dadas las observaciones del PDB.

• Pueden usarse criterios estereoquímicos para evaluar modelos, examinando la longitud y los ángulos de sus enlaces, o incluso su diagrama de Ramachandran, pero éste es un criterio poco indicativo de su utilidad, puesto que se pueden obtener modelos con desviaciones muy pequeñas y calidad estereoquímica muy baja y a la inversa.
  

• Normalmente las desviaciones observadas en los modelos comparativos respecto a las estructuras reales son mayores para los resíduos expuestos al solvente que para los del interior globular. Por otro lado normalmente un modelos contendrá regiones mejores que otras y eso puede o no afectar a su utilidad en la práctica. Por ejemplo, si el sitio activo está modelado con precisión igual no nos importan errores en otras partes.

Podéis ampliar estos conceptos con esta guía de Gale Rhodes.