Ejercicio 4 (50 minutos)

Ahora evaluaremos la calidad de los modelos obtenidos en el capítulo anterior:

1. Inspecciona los alineamientos utilizados para la construcción de los modelos y localiza posibles regiones problemáticas.

2. De acuerdo con los moldes usados para la construcción de cada modelo y usando la ecuación de Chothia y Lesk, estima las desviaciones esperadas de los modelos. Recuerda que para ello deberás obtener el % de identidad de secuencia en los alineamientos utilizados.

3. Usando el servidor de validación de estructuras terciarias BIOSERV:EVAL20 localiza las regiones de los modelos que con mayor probabilidad contengan errores.

4. Usando el servidor RAMPAGE calcula el diagrama de Ramachandran de alguno de tus modelos y comenta los resultados.