Tras construir modelos comparativos por medio de los servidores web propuestos y aprender a visualizarlos con RasMol, llegamos al último punto, donde debíamos comparar algunos de los modelos construídos. Usando el servidor CE y eligiendo la opción two chains comparé 3 de los modelos generados por superposición de sus estructuras tridimensionales: yp086_3djigsaw, yp086_esypred y yp086_swiss_sinmoldes.
Los resultados yp086_swiss_3djigsaw_CE, yp086_swiss_esypred_CE y yp086_3djigsaw_esypred_CE muestran diferencias más o menos importantes en los alineamientos utilizados, como queda luego patente al visualizar las estructuras superpuestas con RasMol: yp086_swiss_3djisaw_CE, yp086_swiss_esypred_CE, yp086_3djigsaw_esypred_CE.
En cuanto al otro ejemplo, htrA, el procedimiento sería el mismo, con la complicación añadida de los tres dominios. A menos que hubiera un molde que incluyera los tres dominios, no podríamos conocer su orientación espacial relativa, por lo que trabajaríamos con los dominios por separado.