Habiendo obtenido los resultados 2.1.2 y 2.2.2 en el capítulo anterior, seguimos con los siguientes pasos del protocolo de modelado comparativo. Es en esta fase donde cada dominio es alineado de forma óptima con los correspondientes moldes para de esta manera heredar el grueso del plegamiento, los elementos de estructura secundaria. Sin embargo, la mayoría de herramientas disponibles para el modelado comparativo son capaces de calcular estos alineamientos, por lo que el usuario no participa necesariamente en esa tarea. A pesar de ello, los errores de alineamiento siguen siendo la principal dificultad de los métodos de modelado comparativo.