Soluciones del ejercicio 2

En cuanto a htrA, parece claro que la proteína contiene 3 dominios, algo que ya sospechábamos desde el ejercicio 2.1.1, combinando la información obtenida de los distintos servidores para obtener los dominios más largos:

1. del 88 al 288, trypsina o serina-proteasa, con varios moldes: 1ky9_A,1vcw_A,1sot_B,1soz_B,1lcy_A, que además incluyen el siguiente dominio, y 1l1j_B,1agj_B,1dua_A,1exf_A,1due_A,1gbm_A y 1dt2_A, que sólo cubren este. Las letras detrás de cada identificador PDB son identificadores de cadenas.
2. del 283 al 373, dominio de reconocimiento de péptidos PDZ, con muchos moldes: 1ky9_A,1vcw_A,1sot_B, 1soz_B,1lcy_A, que además incluyen el anterior dominio, y muchos otros como 1fc9_A,1fc7_A,1fcf_A,1bfe_A, 1pdr_# o 1uez_A.
3. del 391 al 473, PDZ, no sabemos qué moldes exáctamente, ya que DomainFishing no lo encontró. Por tratarse de la misma superfamilia de SCOP (Superfamily), esperamos que los mismos moldes usados en el dominio anterior valgan, aunque con diferentes alineamientos.

La secuencia yp086, por otro lado, parece tener sólo un dominio que casi la abarca por completo:

1. del 2 al 242, deshidrogenasa que requiere zinc (superfamilia SCOP: plegamiento de tipo Rossmann). Según Superfamily podría haber otro pequeño dominio hacia el extremo N-terminal, pero parece poco probable ya que los otros 2 servidores cubren la secuencia casi entero con el dominio deshidrogenasa. Encontramos una variedad de moldes, como 1rjw_A,1llu_A,1h2b_A,1nto_C o 1r37_A.

Conviene recordar que en muchas ocasiones los servidores de MCP o de búsqueda de dominios no identificarán ninguno por tratarse de secuencias muy divergentes. En esos casos es recomendable probar las herramientas de Fold Recognition, reconocimiento de plegamiento, que son más adecuadas para estos casos extremos. Un buen sitio para empezar sería BIOINFO.PL:META.