Ejercicio 3 (50 minutos)

Recordemos las secuencias propuestas en el capítulo anterior, con los dominios que hemos definido sobre ellas:

>htrA | 88-288 tripsina | 283-373 PDZ | 391-473 PDZ
MFPLTRINAL CLRYTKASSS RRPPTTGGAS ARRSEMSRSL LALAALFIAG ESLLSAPAVA DSLSLAPMLQ RVVPSVVSIS VQGRELDDAD ATLADPFYRK FFGLPDDAAP AEHSFQSAGS GVVIDEVHGY IVTNQHVIAS ASKIEVALSD GRRFQAKLVG ADPETDVAVV QIPPDHLVQA EFGSASSLHV GDVVVAIGNP FGLGQTATMG IVSALGRRAV GSEGYEGFIQ TDASTNPGNS GGALVSEDGV VVGINSAIIG PAGGSIGIGF AVPAETVGIV MRQLILTGKL VRGEVGILTQ DLTPGLAKAF GIDEGAGALV SEVLPGSPAA NAGIQPGDVI RMVDGRTVRG ASDVRRLVGS LPLQSKPSFQ IDRASRRIEA FPVVSDAPVA EPAAPRTIHI GRGPLADAEM ANSPDGPGAR VVVVAEGSVA AQAGLQPDDV IVALDQQPVT DVGQLLSILV KEHARALITV VRNGHRLFVA ADVQTQ

>yp086 | deshidrogenasa dependiente de zinc
MAGPYLRALR ILPRGSREPV QRSWLHGYTI DGGFAAHAAA EAGYAFELPE DADPVATAPL LCAGLIGWQS LKMAGEGRTI GIYGFGAAAH ILVQVCKHRG QSVYAFVLPG DEAGRKFTLD LGAVWAGFSG EKPPVPLDAA IIFAPAGELV PMALDVVRKG GTVVCGGIDM SDIPSMPYRL LWGERRVVSV ANLTRSDGAE FFSIGKAAGV RCFTSVYPLE HANEALDDLR AGRVSGAAVI VP

Estas son las tareas del ejercicio:

1. Con las herramientas SWISS-MODEL, 3D-jigsaw interactive, EsyPred3D , BIOINFO.PL:META u otras que consideréis adecuadas (ver apéndice A), construye diferentes modelos comparativos para las secuencias htrA y yp086. Aquí tenéis algunos de los resultados devueltos por estos servidores:
   • htrA_bioinfoPL y yp086_bioinfoPL, donde podéis estimar la dificultad de los alineamientos y la variedad de moldes disponibles.

   • htrA_3djigsaw y htrA_esypred, extraídos de los resultados de BIOINFO.PL.

   • htrA_trip_swiss devuelto por SWISS-MODEL junto con los moldes utilizados en su elaboración; htrA_trip_swiss_sinmoldes, ya sólo contiene el modelo.

   • yp086_3djigsaw, yp086_esypred, extraídos de los resultados de BIOINFO.PL.

   • yp086_swiss_sinmoldes, devuelto por SWISS-MODEL

   • yp086_1h2b_A, yp086_1llu_A, devueltos por 3D-JIGSAW interactivo tras elegir esos moldes.

2. Visualiza con RasMol los modelos obtenidos, probando los diferentes modos de representación.

3. Superpón diferentes modelos que tengas para cada modelo usando el servidor CE (opción two chains), y compáralos. Los modelos deben contener el HEADER.