Tabla de servidores y programas libres de modelado comparativo de proteínas

Tabla A.1: Software libre de modelado comparativo de proteínas. Estos programas devuelven coordenadas atómicas en formato PDB al usuario. La mayoría de servidores de fold recognition devuelven sólo alineamientos y por eso no están aquí.($^{*}$ indica programas que el usuario debe descargarse e instalar localmente)

Servidor/programa	URL/Método de modelado
3D-JIGSAW	http://www.bmm.icnet.uk/servers/3djigsaw Separa la secuencia en dominios usando PFAM y SCOP y busca moldes homólogos. Si es posible usa más de un molde para modelar y prueba diferentes lazos alternativos. En su modo interactivo permite elegir dominios y moldes y editar los alineamientos (Contreras-Moreira & Bates, 2002; Bates et al., 2001).
BIOINFO.PL:META	BIOINFO.PL:META Este es un metaservidor que manda tu secuencia problema a toda una batería de servidores públicos, de MCP y de Fold Recognition, algunos ya mencionados arriba, y devuelve al usuario una página web con todos los alineamientos y algunos modelos. Tiene un sistema de evaluación de modelos que orienta al usuario a la hora de elegirlos, pero no todos los modelos devueltos incluyen cadenas laterales y de hecho a veces sólo devuelve alineamientos (Ginalski et al., 2003). Es muy cómodo para el usuario pero exige cierta experiencia a la hora de analizar los resultados.
CPHmodels	http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels Red neuronal que predice contactos entre C-$\alpha$ del esqueleto peptídico para guiar el alineamiento con los moldes. No construye cadenas laterales (Lund et al., 1997).
EsyPred3D	http://www.fundp.ac.be/urbm/bioinfo/esypred Usa redes neuronales para refinar los alineamientos contra los moldes. Construye los modelos usando el programa MODELLER (Lambert et al., 2002).
Nest$^{*}$	http://trantor.bioc.columbia.edu/programs/jackal Permite construir modelos con uno o más moldes ajustando sus alineamientos con ideas de algoritmos genéticos. Tiene múltiples opciones pero requiere un aprendizaje.
MODELLER$^{*}$	http://salilab.org/modeller/modeller.html Conjunto de programas muy amplio que construye modelos completos basados en alineamientos propios o proporcionados por el usuario. El método se basa en calcular restricciones geométricas para cada residuo a partir de los moldes utilizados y luego en encontrar modelos que cumplan estas restricciones y refinarlos por medio de dinámica molecular (Fiser et al., 2000; Sali & Blundell, 1993). Recientemente han publicado una interfaz web al programa, llamada http://salilab.org/modweb.
PROTINFO$^{*}$	http://protinfo.compbio.washington.edu El corazón del modelo se construye para cada molde encontrado. Sólo se añaden cadenas laterales y lazos a los mejores modelos.
ROBETTA	ROBETTA Servidor muy potente capaz de realizar trabajos de MCP y también de construir modelos en ausencia de moldes obvios, usando una libreria de fragmentos y plegándolos de acuerdo con la predicción de estructura secundaria, probablemente el recurso más puntero de los aquí presentados, pero con ciertas limitaciones en su uso en línea, muy bueno (Kim et al., 2004).
SWISS-MODEL	http://www.expasy.ch/swissmod Moldes encontrados por el programa BLAST con exigentes e-values son superpuestos y alineados a la secuencia problema, excluyendo sus lazos. El corazón se calcula como una media ponderada por la semejanza de secuencia de los moldes y sólo al final se añaden lazos y se refina el conjunto (Guex et al., 1999). Es quizás el programa de MCP más popular, complementado con su excelente interfaz DeepView para la manipulación de estructuras y modelos. Tiene un modo específico para la construcción de complejos de estructura cuaternaria.