Protocolo genérico de MCP

Llegado a este punto sólo nos queda definir el protocolo genérico de MCP. Los pasos de este protocolo pueden realizarse uno por uno con diferentes herramientas o pueden usarse servidores web o programas libres disponibles en Internet, dependiendo de la finalidad de los modelos o de la experiencia del usuario. Al final de este curso, en el apéndice A, hay una lista de recursos libres de MCP.

Este es el protocolo propuesto, expuesto en el diagrama de flujo de la figura 1.9:

1. Definición de dominios.
2. Búsqueda de estructuras molde.
3. Alineamiento de los moldes contra la secuencia problema.
4. Modelado de los elementos de estructura secundaria y del corazón del plegamiento.
5. Optimización: selección de cadenas laterales y lazos.
6. Refinamiento y dinámica molecular.
7. Análisis de errores y control de calidad.

Figura 1.9: Protocolo genérico de MCP.