Los principales métodos experimentales para determinar la estructura de proteínas son la cristalografía de rayos-X y el análisis de sus expectros de resonancia magnética nuclear (NMR). Ambos métodos están muy desarrollados en la actualidad e incluso se están llevando a cabo a gran escala, a pesar de que tienen algunas dificultades crónicas, de las que destaco:
En cualquier caso, los métodos experimentales de resolución de estructuras de proteínas producen descripciones atómicas de variada calidad (las mejores suelen ser las cristalográficas) que se suelen expresar por medio de formatos como el formato PDB, el utilizado por el repositorio Protein Data Bank. Aquí se puede ver cómo es por dentro un archivo PDB, que suelen tener una combinación de 4 caracteres como título, empezando por un número.