La mayoría de las proteínas forman glóbulos compactos al plegarse, compuestos de
elementos de estructura secundaria conectados por lazos (loops en inglés). Las
unidades globulares de plegamiento pueden llamarse dominios, y tienen en su interior
sobre todo cadenas laterales hidrofóbicas, mostrando hacia el solvente los lazos (Branden & Tooze, 1999).
Se ha propuesto que es precisamente la hidrofobicidad la que guía el plegamiento de los dominios
(Dill, 1990), junto con otras interacciones como puentes de hidrógeno, puentes disulfuro o
puentes salinos (Lehninger, 1982).
Los dominios son asimismo las unidades funcionales de las proteínas, pero no hay un consenso
sobre como definirlos con precisión en la práctica. Una cadena polipeptídica puede tener varios
dominios y en ocasiones sólo la combinación de dominios es funcional en un contexto biológico.
Estas combinaciones son ya estructura cuaternaria, como ocurre con la hemoglobina humana, que
funciona como un tetrámero.