Hay muchos programas para visualizar estructuras tridimensionales de proteínas, libres o
de licencia comercial. Destacaría RasMol
o
Molmol, clásicos que siguen en uso
y están disponibles para muchas plataformas;
ProteinExplorer,
una evolución de RasMol
através del navegador de Internet; o iMol, para plataformas
MacOS-X. Hay muchos otros programas, e incluso algunos especializados en tomar planos de proteínas para
imprimir y publicar, como Molscript.
Por otro lado hay programas para manipular e incluso modificar la estructura de proteínas, la mayoría
de ellos de licencia comercial por su interés en la industria farmacéutica. Sin embargo hay una
alternativa libre de muy buena calidad como DeepView,
disponible para varias plataformas.
Para la comparación de estructuras de proteínas hay disponibles programas de superposición, entre los
que destacaría CE
(Shindyalov & Bourne, 1998), por su interfaz
web y su facilidad de uso. Asimismo cito a DALI
(Holm & Sander, 1993), útil para encontrar estructuras similares a una dada dentro del PDB.
Por su sencillez y su portabilidad a multitud de plataformas nosotros usaremos RasMol para visualizar estructuras de proteínas durante este curso.