Las proteínas naturales deben plegarse, es decir, su cadena polipeptídica debe tomar una determinada
conformación tridimensional estable para desempeñar su función biológica.Cuando una proteína pierde
su estructura tridimensional nativa también pierde su función.
Esta reacción de desnaturalización, como mostró experimentalmente Anfinsen et al. (1961), es reversible
al menos para proteinas pequeñas (Dobson & Karplus, 1999). Sus ya clásicos experimentos consistieron
en añadir y retirar agentes desnaturalizantes a disoluciones de enzimas que ganaban y perdían su
actividad. De esta manera se demuestra que el plegamiento de una proteína depende exclusivamente
de su secuencia, aunque algunas necesiten la ayuda de chaperoninas (Hartl & Hayer-Hartl, 2002).
Ha habido progresos, pero a día de hoy no sabemos predecir cómo se plegará una proteína dada partiendo solamente de su secuencia, por eso puede ser útil el MCP.