Sus aplicaciones van desde el análisis del efecto de mutaciones, el diseño de proteínas y de fármacos, hasta la predicción funcional, sobre todo con proteínas cuya estructura no se ha resuelto experimentalmente. Estas aplicaciones se ven mejor en la figura 1.1 y dependen de la semejanza de las estructuras molde utilizadas durante la construcción del modelo.
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Por estas aplicaciones, el MCP es una herramienta importante para explotar las ingentes cantidades de datos generados por los proyectos de secuenciación de genomas. Sin embargo, hay varias limitaciones que afectan al MCP y es importante conocerlas para aplicar correctamente esta metodología.